医学 AI

STELLA: A Multimodal LLM for Protein Functional Annotation via Unified Sequence-Structure Encoding

STELLA：一种通过统一序列-结构编码进行蛋白质功能注释的多模态大语言模型

Hongwang Xiao, Wenjun Lin, Xi Chen, Hui Wang, Kai Chen, Jiashan Li, Yuancheng Sun, Sicheng Dai, Boya Wu, Qiwei Ye

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 STELLA通过统一序列-结构编码与文本模态协同，提升蛋白质功能注释的准确性，实现功能描述预测和酶促反应预测的最新成果。

Comments Accepted to Findings of ACL 2026

smICA: Open-Source Software for Quantitative, Lifetime-Resolved Mapping of Absolute Fluorophore Concentrations in Living Cells

smICA：用于活细胞中绝对荧光素浓度定量、寿命解析映射的开源软件

Tomasz Kalwarczyk, Grzegorz Bubak, Jarosław Michalski, Antoni Lis, Karina Kwapiszewska, Marta Pilz, Adam Mamot, Olga Perzanowska, Joanna Kowalska, Jacek Jemielity, Robert Hołyst

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 smICA通过寿命解析信号过滤、基于强度的细胞分割等方法，实现活细胞中绝对荧光素浓度的定量映射，较传统FCS方法更高效，适用于单细胞研究。

Comments 19 pages, 8 figures, 31 references

Unlocking LLM Creativity in Science through Analogical Reasoning

通过类比推理解锁大语言模型在科学中的创造力

Andrew Shen, Shaul Druckmann, James Zou

机构 * Stanford University（斯坦福大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 本文通过类比推理方法提升大语言模型在开放性问题解决中的多样性与创新性，实验表明该方法显著提高了生成解决方案的质量和多样性。

BioResearcher: Scenario-Guided Multi-Agent for Translational Medicine

BioResearcher: 用于转化医学的场景引导多智能体系统

Remigiusz Kinas, Joanna Krawczyk, Rafał Powalski, Przemysław Pietrzak, Agnieszka Kowalewska, Krzysztof Kolmus, Maciej Sypetkowski, Łukasz Smoliński, Tomasz Jetka

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 本文提出BioResearcher，一种场景引导的多智能体系统，通过版本化研究 playbook 将查询映射到多种工具和机器学习端点，实现跨异构生物医学数据源的可审计、场景特定工作流。系统在单元级能力、开放性生物医学推理和端到端临床发现中均表现优异。

Comments 5 pages (main text), 21 pages (appendix), 8 figures, 11 tables

Robust Clustering Analysis of Genes Related to Age-related Macular Degeneration using RNA-Seq

利用RNA-Seq数据对年龄相关性黄斑变性相关基因进行稳健聚类分析

Brayan Gutierrez, Rinki Ratnapriya, Arko Barman

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 本文通过改进的MEGENA框架对AMD患者和对照组RNA-Seq数据进行稳健聚类分析，提出模块质量评估指标和稳定性测试，揭示基因模块的调控差异，发现潜在的新基因和模块，为AMD机制研究提供依据。

VARIANT: Web Server for Decoding and Analyzing Viral Mutations at Genome and Protein Levels

VARIANT：用于病毒突变解码和分析的网页服务器

Rui Wang, Xuhang Dai, Xin Cao, Changchuan Yin, Tamar Schlick, Guo-Wei Wei

专题命中 生物医学文本 ：diagnosis(abstract)；分类 q-bio

AI总结 VARIANT通过分析病毒基因组和蛋白质的突变模式，帮助理解病毒进化与疾病传播，支持多种病毒家族的突变分析，并提供实时可视化和结构化结果下载。

Comments 15 pages, 5 figures

The role of neuromorphic principles in the future of biomedicine and healthcare

神经形态原理在未来生物医学与健康保健中的作用

Grace M. Hwang, Jessica D. Falcone, Joseph D. Monaco, Courtney R. Pinard, Jessica A. Mollick, Roger L. Miller, Stephanie L. Gage, Andrey V. Kanaev, Margaret Kim, R. Ale Lukaszew, Steven M. Zehnder, David Rampulla

机构 * National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NINDS), National Institutes of Health (NIH)（美国国立卫生研究院国家神经疾病与卒中研究所） ； National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIBIB), NIH（美国国立卫生研究院国家生物医学成像与生物工程研究所） ； National Institute of Mental Health (NIMH), NIH（美国国立卫生研究院国家心理健康研究所） ； National Institute of Drug Abuse (NIDA), NIH（美国国立卫生研究院国家药物滥用研究所） ； National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIDCD), NIH（美国国立卫生研究院国家耳聋与其他沟通障碍研究所） ； United States National Science Foundation (NSF), Directorate for Computer and Information Science and Engineering (CISE)（美国国家科学基金会计算机与信息科学与工程学部） ； United States National Science Foundation (NSF), Directorate for Engineering (ENG)（美国国家科学基金会工程学部） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 本文探讨神经形态工程在生物医学和神经技术中的应用，总结了当前挑战和未来发展方向，强调了跨学科合作的重要性。

Comments 56 pages; 1 figure

DOT: A flexible multi-objective optimization framework for transferring features across single-cell and spatial omics

DOT：一种灵活的多目标优化框架，用于在单细胞和空间组学之间转移特征

Arezou Rahimi, Luis A. Vale-Silva, Maria Faelth Savitski, Jovan Tanevski, Julio Saez-Rodriguez

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 DOT框架通过多目标优化在单细胞和空间组学数据间转移特征，兼顾细胞类型、状态及基因表达，提升组织映射的分辨率和基因覆盖。

Comments 36 pages, 6 figures

GIP-RAG: An Evidence-Grounded Retrieval-Augmented Framework for Interpretable Gene Interaction and Pathway Impact Analysis

GIP-RAG: 一种基于证据的检索增强框架用于可解释的基因互作和通路影响分析

Fujian Jia, Jiwen Gu, Cheng Lu, Dezhi Zhao, Mengjiang Huang, Yuanzhi Lu, Xin Liu, Kang Liu

机构 * Kanghua Juntai Biotech Co. Ltd.（康华联合生物科技有限公司） ； Department of Radiation Oncology, Cancer Treatment Center, The Second Affiliated Hospital of Hainan Medical University（海南医学院第二附属医院放疗科、肿瘤治疗中心） ； Department of Nutrition, University of California, Davis（加州大学戴维斯分校营养系） ； Department of Pathology, The First Affiliated Hospital of Jinan University（暨南大学第一附属医院病理科） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 GIP-RAG结合生物知识图谱与大语言模型，通过检索增强生成方法解析基因互作及通路影响，提供可解释的多步推理和机制解释。

Comments 29 pages

Peakspan: Defining, Quantifying and Extending the Boundaries of Peak Productive Lifespan

Peakspan：定义、量化并扩展峰值生产力寿命的边界

Alex Zhavoronkov, Dominika Wilczok

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 研究提出Peakspan概念，量化个体在特定生理或认知领域维持至少90%峰值功能性能的年龄区间，揭示大部分生物系统在青年时期达到最大容量，导致Peakspan短于总寿命，强调延长Peakspan对衰老社会经济持续增长的重要性。

MetaHQ: Harmonized, high-quality metadata annotations of public omics samples and studies

MetaHQ：公共组学样本和研究的统一、高质量元数据标注

Parker Hicks, Lydia E Valtadoros, Christopher A Mancuso, Faisal Alquadoomi, Kayla A Johnson, Sneha Sundar, Arjun Krishnan

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 MetaHQ通过统一标准元数据标注，为公共组学样本和研究提供高质量注释，解决了现有注释碎片化和格式不一的问题。

Comments 7 pages main text, 4 pages Supplemental Figures, 1 page Supplemental Table, 1 page Supplemental File. The replacement added three references that were missing in the original submission and made minor formatting changes

LA-MARRVEL: A Knowledge-Grounded, Language-Aware LLM Framework for Clinically Robust Rare Disease Gene Prioritization

LA-MARRVEL：一种基于知识、语言感知的LLM框架，用于临床稳健的罕见病基因优先级排序

Jaeyeon Lee, Lin Yao, Hyun-Hwan Jeong, Zhandong Liu

机构 * Baylor College of Medicine（贝勒医学院） ； Jan and Dan Duncan Neurological Research Institute（Jan和Dan Duncan神经研究 institutes） ； Texas Children’s Hospital（德克萨斯儿童医院） ； Quantitative and Computational Biosciences program（定量与计算生物科学项目） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：diagnosis(abstract)；分类 q-bio

AI总结 LA-MARRVEL通过基于知识和语言感知的LLM框架，提升罕见病基因优先级排序的准确性和临床实用性。

MCPmed: A Call for MCP-Enabled Bioinformatics Web Services for LLM-Driven Discovery

MCPmed: 一种面向LLM驱动发现的MCP启用生物信息学Web服务的呼吁

Matthias Flotho, Ian Ferenc Diks, Philipp Flotho, Leidy-Alejandra G. Molano, Pascal Hirsch, Andreas Keller

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 MCPmed旨在通过MCP协议提升生物信息学Web服务的自动化和互操作性，以支持LLM驱动的发现研究。

Data complexity signature predicts quantum projected learning benefit for antibiotic resistance

数据复杂性特征预测抗生素耐药性的量子投影学习效益

Kahn Rhrissorrakrai, Filippo Utro, Alex Milinovich, Sandip Vasavada, Daniel Rhoads, Laxmi Parida, Glenn T. Werneburg

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 本研究通过量子投影学习方法探索抗生素耐药性预测，发现数据复杂性特征可指导量子计算在医疗领域的应用。

Semiparametric estimation of GLMs with interval-censored covariates via an augmented Turnbull estimator

半参数估计GLMs中的区间截断协变量通过增强Turnbull估计器

Andrea Toloba, Klaus Langohr, Guadalupe Gómez Melis

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 本文提出了一种基于似然的方法GELc，用于估计具有区间截断协变量的广义线性模型，并通过模拟研究和实际应用验证了其有效性。

easyplater: The easy way to generate microplate designs deconvolved from multivariate clinical data

easyplater: 通过多变量临床数据生成微孔板设计的简便方法

Avigail Taylor, Micah P. Fletcher

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 easyplater通过加权多变量评分和网络方法，简化微孔板设计流程，提高解卷效果。

Comments All in one PDF: 18 pages, 10 figures, 2 boxes, 1 table

Bridge2AI Recommendations for AI-Ready Genomic Data

Bridge2AI推荐用于AI准备的基因组数据

Matthew Cannon, Wesley Goar, In-Hee Lee, James Stevenson, Amy Heiser, Nathan Sheffield, James Eddy, Monica Munoz-Torres, Sek Wong Kong, Alex H Wagner

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 Bridge2AI提出基因组数据集的AI准备性标准，旨在通过AI技术推动医学新发现。

Comments 19 pages, 6 tables, 1 supplementary use case, 1 supplementary table

Coupling opinion dynamics and epidemiology

意见动态与流行病学的耦合

Thomas Goetz, Tyll Krueger, Karol Niedzielewski, Jan Schneider, Barbara Pabjan

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 本文提出将意见动态与流行病学耦合的模型，揭示行为变化对传染病传播的非单调影响，并强调社会干预对流行病结果的重要性。

Physics-Guided Surrogate Modeling for Machine Learning-Driven DLD Design Optimization

物理引导的代理建模用于机器学习驱动的DLD设计优化

Khayrul Islam, Mehedi Hasan, Yaling Liu

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 本文提出了一种基于物理引导的代理建模方法，结合高保真模拟和机器学习，用于快速设计无标记DLD装置，以优化细胞排序性能。

Comments 33 pages, 5 figures

Effect Size-Driven Pathway Meta-Analysis for Gene Expression Data

基于效应量的通路元分析用于基因表达数据

Juan Antonio Villatoro-García, Pablo Pedro Jurado-Bascón, Pedro Carmona-Sáez

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 GSEMA通过单样本富集评分整合基因表达数据，实现通路级元分析，有效控制假阳性率并提供生物解释。

Comments 22 pages, 4 Figures, 7 Tables

Representation Meets Optimization: Training PINNs and PIKANs for Gray-Box Discovery in Systems Pharmacology

Nazanin Ahmadi Daryakenari, Khemraj Shukla, George Em Karniadakis

机构 * Center for Biomedical Engineering, Brown University（布朗大学生物医学工程中心） ； Division of Applied Mathematics, Brown University（布朗大学应用数学系） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

Attri-Net: A Globally and Locally Inherently Interpretable Model for Multi-Label Classification Using Class-Specific Counterfactuals

Susu Sun, Stefano Woerner, Andreas Maier, Lisa M. Koch, Christian F. Baumgartner

机构 * Cluster of Excellence: Machine Learning - New Perspectives for Science, University of Tübingen（机器学习新视角科学卓越中心，图宾根大学） ； Department of Computer Science, Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg（计算机科学系，埃尔兰根-纽伦堡弗里德里希-亚历山大大学） ； Hertie Institute for Artificial Intelligence in Brain Health, University of Tübingen（脑健康人工智能研究所，图宾根大学） ； Department of Diabetes, Endocrinology, Nutritional Medicine and Metabolism, Inselspital, Bern University Hospital, University of Bern（糖尿病、内分泌学、营养医学和代谢学系，伯恩大学医院，伯恩大学） ； Faculty of Health Sciences and Medicine, University of Lucerne（健康科学与医学学院，卢塞恩大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(comments,journal_ref)；分类 cs.CV、cs.LG

Comments Accepted for publication at the Journal of Machine Learning for Biomedical Imaging (MELBA) https://melba-journal.org/2025:028

Journal ref Machine.Learning.for.Biomedical.Imaging. 3 (2025)

Approximating the Mathematical Structure of Psychodynamics

Bryce-Allen Bagley, Navin Khoshnan

机构 * Stanford University（斯坦福大学） ； Mathematical Medicine Group（数学医学组） ； Department of Neurosurgery（神经外科系） ； Physician-Scientist Training Program（医师科学家培训计划） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

Challenges and Recommendations in Establishing National Human Diversity Genomic Projects

Taras K. Oleksyk, Walter W. Wolfsberger, Karishma Chhugani, Yu-Ning Huang, Valerii Pokrytiuk, Khrystyna Shchubelka, Alex Zelikovsky, Bogdan Pasaniuc, Viorel Jinga, Octavian Bucur, Scott C. Edmunds, Heinner Guio, Zane Lombard, Brenna M. Henn, Andrei Lobiuc, Alexei Levitchi, Dumitru Ciorba, Viorel Bostan, Viorel Munteanu, Victor Gordeev, Christian P. Schaaf, Hoh Boon-Peng, Andrés Moreno Estrada, Mihai Covasa, Mihai Dimian, Ulykbek Kairov, Victoria M. Pak, Seow Shih Wee, Charleston W. K. Chiang, Emmanuel Nepolo, Matteo Pellegrini, Yosr Hamdi, Malak S. Abedalthagafi, Nicola Jane Mulder, Jazlyn Mooney, Javier E. Sanchez-Galan, Sandro José de Souza, Henriette Raventós, Marina Muzzio, Gabriela Chavarria-Soley, Serghei Mangul

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

ECKO: Explainable Clinical Knowledge for Oncology

Marta Contreiras Silva, Daniel Faria, Laura Balbi, Susana Nunes, Ana Filipa Rodrigues, Aleksander Palkowski, Michal Waleron, Emilia Daghir-Wojtkowiak, Ashwin Adrian Kallor, Christophe Battail, Federico Maria Corazza, Manuel Fiorelli, Armando Stellato, Javier Antonio Alfaro, Fabio Massimo Zanzotto, Catia Pesquita

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

Comments 18 pages, 9 figures

Mendelian randomization in a multi-ancestry world: reflections and practical advice

Amy M. Mason, Verena Zuber, Gibran Hemani, Elena Raffetti, Yu Xu, Amanda H. W Chong, Benjamin Woolf, Elias Allara, Dipender Gill, Opeyemi Soremekun, Stephen Burgess

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

Comments 20 pages, 2 figures

Recent Advances in Microfluidics and Bioelectronics for Three-Dimensional Organoid Interfaces

Caroline Ferguson, Yan Li, Yi Zhang, Xueju Wang

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

Contrastive Learning Enhances Language Model Based Cell Embeddings for Low-Sample Single Cell Transcriptomics

Luxuan Zhang, Douglas Jiang, Qinglong Wang, Haoqi Sun, Feng Tian

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

Comments 14 pages, 4 figures, 2 tables

Deep Clustering for Blood Cell Classification and Quantification

Mihaela Macarie-Ancau, Adrian Groza

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

InterFeat: A Pipeline for Finding Interesting Scientific Features

Dan Ofer, Michal Linial, Dafna Shahaf

机构 * The Hebrew University of Jerusalem（耶路撒冷希伯来大学） ； Department of Biological Chemistry, Institute of Life Sciences, The Hebrew University of Jerusalem（生物化学系、生命科学研究所、耶路撒冷希伯来大学） ； Department of Computer Science, The Hebrew University of Jerusalem（计算机科学系、耶路撒冷希伯来大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio