医学 AI

Functional Random Forest with Adaptive Cost-Sensitive Splitting for Imbalanced Functional Data Classification

具有自适应成本敏感分裂的函数随机森林用于不平衡函数数据分类

Fahad Mostafa, Hafiz Khan

机构 * Fahad Mostafa School of Mathematical and Natural Sciences, Arizona State University, USA（法哈德·莫斯塔法 数学与自然科学学院，亚利桑那州立大学） ； Hafiz Khan Department of Public Health, Julia Jones Matthews School of Population and Public Health, Texas Tech Health Sciences Center, USA（哈菲兹·汗 公共卫生部，朱莉亚·琼斯·马修斯流行病学与公共卫生学院，德克萨斯技术健康科学中心） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

AI总结 本文提出了一种针对不平衡功能数据分类的新型方法FRF-ACS，通过自适应成本敏感分裂和混合采样策略提升少数类检测性能。

Comments 23 pages, 4 figures

A Non-Invasive Path to Animal Welfare: Contactless Vital Signs and Activity Monitoring of In-Vivo Rodents Using a mm-Wave FMCW Radar

动物福利的非侵入性途径：利用毫米波FMCW雷达进行活体啮齿动物的无接触生命体征和活动监测

Tommaso Polonelli, Manuel Glahn, Stefano Kron, Stefan Selbert, Marco Garzola, Michele Magno

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 eess.SP

AI总结 本文提出了一种基于毫米波雷达的无接触活体啮齿动物监测系统，实现非侵入性生命体征和活动检测，提升动物福利与测量可靠性。

GRASP: Graph Reasoning Agents for Systems Pharmacology with Human-in-the-Loop

GRASP：具有人机交互循环的图推理代理用于系统药理学

Omid Bazgir, Vineeth Manthapuri, Ilia Rattsev, Mohammad Jafarnejad

机构 * Clinical Pharmacology, Genentech（基因泰克临床药理部） ； Preclinical & Translational PKPD, Genentech Inc.（基因泰克预临床与转化药代动力学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

AI总结 GRASP通过图推理代理实现系统药理学模型开发的自动化与严谨性，提升生物医学建模的效率和准确性。

A general language model for peptide function identification

一种用于肽功能识别的通用语言模型

Jixiu Zhai, Zikun Wang, Chupei Tang, Haitian Zhong, Ziyang Xu, Yuhuan Liu, Shengrui Xu, Jingwan Wang, Dan Huang, Tianchi Lu

机构 * School of Mathematics and Statistics, Lanzhou University（兰州大学数学与统计学学院） ； Department of Computer Science, City University of Hong Kong（城市大学计算机科学系） ； Shanghai Innovation Institute（上海创新研究院） ； New Laboratory of Pattern Recognition (NLPR), State Key Laboratory of Multimodal Artificial Intelligence Systems (MAIS), Institute of Automation, Chinese Academy of Sciences (CASIA)（模式识别新实验室、多模态人工智能系统国家重点实验室、自动化研究所、中国科学院） ； Department of Mathematics, The Chinese University of Hong Kong（香港中文大学数学系） ； Cuiying Honors College, Lanzhou University（崔莹荣誉学院，兰州大学） ； Department of Mathematics, Harbin Engineering University（哈尔滨工程大学数学系） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

AI总结 PDeepPP是一种整合预训练蛋白质语言模型与混合Transformer-CNN架构的通用语言模型，用于高效识别多种肽类和PTM位点，实现高精度和可解释的肽表示。

Comments 15 pages, 5 figures, 3 tables, submitted to arXiv

Semantic-Enhanced Feature Matching with Learnable Geometric Verification for Cross-Modal Neuron Registration

语义增强的特征匹配与可学习几何验证用于跨模态神经元配准

Wenwei Li, Lingyi Cai, Hui Gong, Qingming Luo, Anan Li

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 eess.IV

AI总结 本文提出一种结合语义增强和可学习几何验证的深度学习框架，用于解决跨模态神经元配准中的模态差距、数据稀缺和组织形变问题，提升生物医学影像配准精度。

Learning Cell-Aware Hierarchical Multi-Modal Representations for Robust Molecular Modeling

学习细胞感知的层次多模态表示以实现稳健的分子建模

Mengran Li, Zelin Zang, Wenbin Xing, Junzhou Chen, Ronghui Zhang, Jiebo Luo, Stan Z. Li

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

AI总结 CHMR通过联合建模分子与细胞反应的层次依赖关系，提升分子建模的稳健性和生物学基础。

Comments Accepted to AAAI 2026 (Oral)

CountXplain: Interpretable Cell Counting with Prototype-Based Density Map Estimation

CountXplain: 基于原型的密度图估计用于可解释的细胞计数

Abdurahman Ali Mohammed, Wallapak Tavanapong, Catherine Fonder, Donald S. Sakaguchi

机构 * Department of Computer Science, Iowa State University（计算机科学系，爱荷华州立大学） ； Department of Genetics, Development, and Cell Biology, Iowa State University（遗传学、发育与细胞生物学系，爱荷华州立大学） ； Molecular, Cellular, and Developmental Biology Program, Iowa State University（分子、细胞与发育生物学项目，爱荷华州立大学） ； Neuroscience Program, Iowa State University（神经科学项目，爱荷华州立大学） ； Nanovaccine Institute, Iowa State University（纳米疫苗研究所，爱荷华州立大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.CV

AI总结 CountXplain通过原型密度图估计实现可解释的细胞计数，结合生物学家验证的原型模式，提升模型透明度和计数效果。

Comments Medical Imaging with Deep Learning 2025

MoReMouse: Monocular Reconstruction of Laboratory Mouse

MoReMouse: 单目重建实验室小鼠

Yuan Zhong, Jingxiang Sun, Zhongbin Zhang, Liang An, Yebin Liu

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.CV

AI总结 MoReMouse通过创新的合成数据集、变换器架构与三平面表示，实现了高保真小鼠3D重建，提升重建精度与稳定性。

Measuring AI Progress in Drug Discovery: A Reproducible Leaderboard for the Tox21 Challenge

Antonia Ebner, Christoph Bartmann, Sonja Topf, Sohvi Luukkonen, Johannes Schimunek, Günter Klambauer

机构 * ELLIS Unit Linz and LIT AI Lab, Institute for Machine Learning（ELLIS单位林茨和LIT AI实验室，机器学习研究所） ； Clinical Research Institute for Medical AI（医学人工智能临床研究 institutes） ； Johannes Kepler University（约翰·开普勒大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Certified Coil Geometry Learning for Short-Range Magnetic Actuation and Spacecraft Docking Application

Yuta Takahashi, Hayate Tajima, Shin-ichiro Sakai

机构 * Department of Mechanical Engineering, Institute of Science Tokyo（科学东京研究院机械工程系） ； Satellite Research and Development, Interstellar Technologies Inc.（星际技术公司卫星研发部） ； Department of Advanced Energy, The University of Tokyo（东京大学先进能源系） ； Department of Spacecraft Engineering, Japan Aerospace Exploration Agency（日本宇宙航空研究开发机构航天器工程系） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments Submitted to IEEE Robotics and Automation Letters

Uncertainty-aware Physics-informed Neural Networks for Robust CARS-to-Raman Signal Reconstruction

Aishwarya Venkataramanan, Sai Karthikeya Vemuri, Adithya Ashok Chalain Valapil, Joachim Denzler

机构 * Computer Vision Group, Friedrich Schiller University Jena（尤斯图斯-施莱尔大学计算机视觉组） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments EurIPS DiffSys workshop 2025

Foundation Model in Biomedicine

Xiangrui Liu, Yuanyuan Zhang, Qianyu Shang, Yingzhou Lu, Changchang Yin, Xiaoling Hu, Xiaoou Liu, Lulu Chen, Alexander Rodríguez, Yezhou Yang, Ping Zhang, Jintai Chen, Shan Du, Huaxiu Yao, Sheng Wang, Tianfan Fu, Xiao Wang

机构 * Arizona State University（亚利桑那州立大学） ； Purdue University（普渡大学） ； University of British Columbia（不列颠哥伦比亚大学） ； Stanford University（斯坦福大学） ； The Ohio State University（俄亥俄州立大学） ； Massachusetts General Hospital（麻省总医院） ； Harvard Medical School（哈佛医学院） ； Virginia Polytechnic Institute（弗吉尼亚多项技术学院） ； University of Michigan（密歇根大学） ； University of North Carolina at Chapel Hill（北卡罗来纳大学教堂山分校） ； Nanjing University（南京大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

CardioEmbed: Domain-Specialized Text Embeddings for Clinical Cardiology

Richard J. Young, Alice M. Matthews

机构 * University of Nevada Las Vegas, Department of Neuroscience（内华达大学拉斯维加斯分校神经科学系） ； Concorde Career Colleges, Department of Cardiovascular and Medical Diagnostic Sonography（康科德职业学院心血管与医学诊断超声系） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments 14 pages, 6 figures

RAG-Enhanced Collaborative LLM Agents for Drug Discovery

Namkyeong Lee, Edward De Brouwer, Ehsan Hajiramezanali, Tommaso Biancalani, Chanyoung Park, Gabriele Scalia

机构 * Genentech（基因泰克） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments Machine Learning, Drug Discovery

C3-Diff: Super-resolving Spatial Transcriptomics via Cross-modal Cross-content Contrastive Diffusion Modelling

Xiaofei Wang, Stephen Price, Chao Li

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.CV

Leveraging Generic Time Series Foundation Models for EEG Classification

Théo Gnassounou, Yessin Moakher, Shifeng Xie, Vasilii Feofanov, Ievgen Redko

机构 * Université Paris-Saclay, Inria, CEA（巴黎萨克雷大学、法国国家信息与自动化研究所、法国原子能委员会） ； Huawei Noah’s Ark Lab（华为诺亚实验室） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Journal ref NeurIPS 2025 Workshop "Recent Advances in Time Series Foundation Models Have We Reached the 'BERT Moment'?"

AI Agents in Drug Discovery

Srijit Seal, Dinh Long Huynh, Moudather Chelbi, Sara Khosravi, Ankur Kumar, Mattson Thieme, Isaac Wilks, Mark Davies, Jessica Mustali, Yannick Sun, Nick Edwards, Daniil Boiko, Andrei Tyrin, Douglas W. Selinger, Ayaan Parikh, Rahul Vijayan, Shoman Kasbekar, Dylan Reid, Andreas Bender, Ola Spjuth

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments 45 pages, 12 figures

The Denario project: Deep knowledge AI agents for scientific discovery

Francisco Villaescusa-Navarro, Boris Bolliet, Pablo Villanueva-Domingo, Adrian E. Bayer, Aidan Acquah, Chetana Amancharla, Almog Barzilay-Siegal, Pablo Bermejo, Camille Bilodeau, Pablo Cárdenas Ramírez, Miles Cranmer, Urbano L. França, ChangHoon Hahn, Yan-Fei Jiang, Raul Jimenez, Jun-Young Lee, Antonio Lerario, Osman Mamun, Thomas Meier, Anupam A. Ojha, Pavlos Protopapas, Shimanto Roy, David N. Spergel, Pedro Tarancón-Álvarez, Ujjwal Tiwari, Matteo Viel, Digvijay Wadekar, Chi Wang, Bonny Y. Wang, Licong Xu, Yossi Yovel, Shuwen Yue, Wen-Han Zhou, Qiyao Zhu, Jiajun Zou, Íñigo Zubeldia

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments 272 pages. Examples of 11 AI-generated paper drafts from different scientific disciplines. Code publicly available at https://github.com/AstroPilot-AI/Denario

PPDiff: Diffusing in Hybrid Sequence-Structure Space for Protein-Protein Complex Design

Zhenqiao Song, Tiaoxiao Li, Lei Li, Martin Renqiang Min

机构 * Language Technologies Institute, Carnegie Mellon University（卡内基梅隆大学语言技术研究所） ； NEC Laboratories America（日本电报电话公司美洲实验室） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

In Defence of Post-hoc Explainability

Nick Oh

机构 * socius labs（socius实验室） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments v1 presented at the Interpretable AI: Past, Present, and Future Workshop at NeurIPS 2024 (non-archival)

Conditional Mean and Variance Estimation via \textit{k}-NN Algorithm with Automated Variance Selection

Marcos Matabuena, Juan C. Vidal, Oscar Hernan Madrid Padilla, Jukka-Pekka Onnela

机构 * Harvard T.H. Chan School of Public Health（哈佛大学T.H. Chan公共卫生学院） ； University of Santiago de Compostela（圣西蒙大学） ； University of California, Los Angeles（加州大学洛杉矶分校） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Assessing the Real-World Utility of Explainable AI for Arousal Diagnostics: An Application-Grounded User Study

Stefan Kraft, Andreas Theissler, Vera Wienhausen-Wilke, Gjergji Kasneci, Hendrik Lensch

机构 * IT-Designers Gruppe Esslingen am Neckar（埃斯林根内卡尔IT设计组） ； University of Tübingen（图宾根大学） ； University of Giessen（吉森大学） ； Klinikum Esslingen, Klinik für Kardiologie, Pneumologie und Angilologie（埃斯林根克林克医院，心内科、呼吸科和内科） ； Technical University of Munich（慕尼黑技术大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Morphologically Intelligent Perturbation Prediction with FORM

Reed Naidoo, Matt De Vries, Olga Fourkioti, Vicky Bousgouni, Mar Arias-Garcia, Maria Portillo-Malumbres, Chris Bakal

机构 * The Institute of Cancer Research（癌症研究所在伦敦） ； Sentinal4D 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.CV

Large Language Models Meet Text-Attributed Graphs: A Survey of Integration Frameworks and Applications

Guangxin Su, Hanchen Wang, Jianwei Wang, Wenjie Zhang, Ying Zhang, Jian Pei

机构 * The University of New South Wales（新南威尔士大学） ； The University of Technology Sydney（技术大学悉尼分校） ； University of Technology Sydney（技术大学悉尼分校） ； Duke University（杜克大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments Surveys and overviews; Natural language processing; Knowledge representation and reasoning; Graph algorithms

Predicting life satisfaction using machine learning and explainable AI

Alif Elham Khan, Mohammad Junayed Hasan, Humayra Anjum, Nabeel Mohammed, Sifat Momen

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Journal ref Heliyon, Volume 10, Issue 10, e31158 (May 30, 2024)

Thinking in Groups: Permutation Tests Reveal Near-Out-of-Distribution

Yasith Jayawardana, Dineth Jayakody, Sampath Jayarathna, Dushan N. Wadduwage

机构 * Center for AI For Science and Engineering, Georgia Institute of Technology, Atlanta GA, USA（人工智能与科学工程中心，佐治亚理工学院，美国亚特兰大） ； Department of Computer Science, Old Dominion University, Norfolk VA（计算机科学系，老 Dominion 大学，弗吉尼亚诺福克） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

MagicDock: Toward Docking-oriented De Novo Ligand Design via Gradient Inversion

Zekai Chen, Xunkai Li, Sirui Zhang, Henan Sun, Jia Li, Zhenjun Li, Bing Zhou, Rong-Hua Li, Guoren Wang

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments 52 pages, 14 figures, 12 tables

HySim-LLM: Embedding-Weighted Fine-Tuning Bounds and Manifold Denoising for Domain-Adapted LLMs

Majid Jaberi-Douraki, Hossein Sholehrasa, Xuan Xu, Remya Ampadi Ramachandran

机构 * DATA Consortium and FARAD Program, Kansas State University, Olathe, KS, USA（DATA Consortium和FARAD计划，堪萨斯州立大学） ； Department of Mathematics, Kansas State University, Olathe, KS, USA（数学系，堪萨斯州立大学） ； Department of Computer Science, Kansas State University, Manhattan, KS, USA（计算机科学系，堪萨斯州立大学） ； Department of Statistics, Kansas State University, Olathe, KS, USA（统计学系，堪萨斯州立大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

MolGA: Molecular Graph Adaptation with Pre-trained 2D Graph Encoder

Xingtong Yu, Chang Zhou, Xinming Zhang, Yuan Fang

机构 * Singapore Management University（新加坡管理大学） ； University of Science and Technology of China（中国科学技术大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments Under review

A Warm-basis Method for Bridging Learning and Iteration: a Case Study in Fluorescence Molecular Tomography

Ruchi Guo, Jiahua Jiang, Bangti Jin, Wuwei Ren, Jianru Zhang

机构 * Department of Mathematics, Sichuan University, China（四川大学数学系） ； School of Mathematics, University of Birmingham, UK（英国伯明翰大学数学学院） ； Department of Mathematics, The Chinese University of Hong Kong, Shatin, N.T., Hong Kong（香港中文大学数学系） ； School of Information Science and Technology, ShanghaiTech University, China（上海科技大学信息科学与技术学院） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.CV