医学 AI

SciClaims: An End-to-End Generative System for Biomedical Claim Analysis

SciClaims: 一种用于生物医学声明分析的端到端生成系统

Raúl Ortega, José Manuel Gómez-Pérez

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

AI总结 SciClaims是一种基于大语言模型的端到端生物医学声明分析系统，可自动提取声明、检索证据并验证真实性，无需额外微调。

Comments In Proceedings of the 2025 Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing: System Demonstrations

RAG-BioQA: A Retrieval-Augmented Generation Framework for Long-Form Biomedical Question Answering

RAG-BioQA：一种用于长文本生物医学问答的检索增强生成框架

Lovely Yeswanth Panchumarthi, Sumalatha Saleti, Sai Prasad Gudari, Atharva Negi, Praveen Raj Budime, Harsit Upadhya

机构 * Department of CSE Emory University Georgia, USA（计算机科学与工程系 埃默里大学 美国佐治亚州） ； Department of CSE SRM University AP Andhra Pradesh, India（计算机科学与工程系 SRM大学AP 安得拉邦印度） ； Department of CSE Trine University Michigan, USA（计算机科学与工程系 特林大学 密歇根州美国） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

AI总结 RAG-BioQA通过结合BioBERT和FAISS实现检索增强生成，提升长文本生物医学问答的准确性和可复现性。

Comments Submitted to ICAEI

Harnessing Large Language Models for Biomedical Named Entity Recognition

利用大型语言模型进行生物医学命名实体识别

Jian Chen, Leilei Su, Cong Sun

机构 * Department of Data Science and Big Data Technology, Hainan University, Haikou 570228, China（数据科学与大数据技术学院，海南大学，海口570228，中国） ； Department of Mathematics, Hainan University, Haikou 570228, China（数学学院，海南大学，海口570228，中国） ； Department of Population Health Sciences, Weill Cornell Medicine, New York 10022, USA（流行病学与公共卫生科学学院，韦尔·柯尔医学中心，纽约10022，美国） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

AI总结 本文提出BioSelectTune框架，通过高效的数据筛选方法提升生物医学命名实体识别的性能，实现优于现有模型的准确率。

BiCA: Effective Biomedical Dense Retrieval with Citation-Aware Hard Negatives

BiCA: 基于引用感知的生物医学密集检索

Aarush Sinha, Pavan Kumar S, Roshan Balaji, Nirav Pravinbhai Bhatt

机构 * University of Copenhagen（哥本哈根大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

AI总结 BiCA通过利用引用链接生成引用感知硬负样本，提升生物医学领域密集检索性能，实现零样本检索和长尾主题的优越表现。

Comments Accepted for oral presentation at AAAI 2026

Exploration of Augmentation Strategies in Multi-modal Retrieval-Augmented Generation for the Biomedical Domain: A Case Study Evaluating Question Answering in Glycobiology

多模态检索增强生成在生物医学领域中的增强策略探索：一项评估糖生物学问答的案例研究

Primož Kocbek, Azra Frkatović-Hodžić, Dora Lalić, Vivian Hui, Gordan Lauc, Gregor Štiglic

机构 * University of Maribor, Faculty of Health Sciences（莫拉维亚大学健康科学学院） ； University of Ljubljana, Medical Factory（卢布尔雅那大学医疗工厂） ； Genos Ltd（基因公司） ； Center for Smart Health, School of Nursing The Hong Kong Polytechnic University（智能健康中心护理学院香港理工大学） ； University of Zagreb, Faculty of Pharmacy（扎格雷布大学药学院） ； Usher Institute University of Edinburgh（埃德蒙顿大学usher研究所） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

AI总结 本文研究了多模态检索增强生成在生物医学领域中的增强策略，通过实验发现多模态转换和视觉检索在不同模型中均能提升问答准确率。

Comments Will be published in IEEE BigData 2025 proceedings. Contains 10 pages, 1 figure, 5 tables

From Task Executors to Research Partners: Evaluating AI Co-Pilots Through Workflow Integration in Biomedical Research

从任务执行者到研究伙伴：通过工作流整合在生物医学研究中评估AI共 pilot

Lukas Weidener, Marko Brkić, Chiara Bacci, Mihailo Jovanović, Emre Ulgac, Alex Dobrin, Johannes Weniger, Martin Vlas, Ritvik Singh, Aakaash Meduri

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

AI总结 本文提出了一种以过程为导向的评估框架，用于评估AI系统在生物医学研究中的协作能力，强调对话质量、工作流编排、会话连续性和研究人员体验等关键维度。

HealthContradict: Evaluating Biomedical Knowledge Conflicts in Language Models

HealthContradict: 评估语言模型在生物医学知识中的矛盾

Boya Zhang, Alban Bornet, Rui Yang, Nan Liu, Douglas Teodoro

机构 * Faculty of Medicine, University of Geneva（日内瓦大学医学院） ； Department of Biomedical Informatics, Yong Loo Lin School of Medicine, National University of Singapore（新加坡国立大学 Yong Loo Lin 医学院生物医学信息学系） ； Department of Biostatistics & Bioinformatics, Duke University Artificial Intelligence Institute, National University of Singapore（新加坡国立大学人工智能研究所生物统计学与生物信息学系） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

AI总结 HealthContradict数据集评估语言模型在处理生物医学知识矛盾时的推理能力，揭示模型在正确上下文利用与错误上下文抵抗方面的表现。

Parallel Delayed Memory Units for Enhanced Temporal Modeling in Biomedical and Bioacoustic Signal Analysis

并行延迟记忆单元用于生物医学和生物声学信号分析中的增强时间建模

Pengfei Sun, Wenyu Jiang, Paul Devos, Dick Botteldooren

机构 * Department of Information Technology, WAVES Research Group, Ghent University（信息科技系、WAVES研究组、根特大学） ； Department of Electrical and Electronic Engineering, Imperial College London（电子与电气工程系、伦敦帝国学院） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

AI总结 并行延迟记忆单元通过门控延迟线机制提升生物医学和生物声学信号的时间建模能力，增强记忆效率与模型性能。

Comments Accepted for publication in IEEE Transactions on Audio, Speech and Language Processing, 2025

Journal ref IEEE Transactions on Audio, Speech and Language Processing, 2025

RELATE: Relation Extraction in Biomedical Abstracts with LLMs and Ontology Constraints

RELATE：利用LLMs和本体约束进行生物医学摘要中的关系提取

Olawumi Olasunkanmi, Mathew Satusky, Hong Yi, Chris Bizon, Harlin Lee, Stanley Ahalt

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

AI总结 RELATE通过结合LLMs和本体约束，提升生物医学摘要中关系提取的标准化和准确性，有效构建标准化知识图谱。

MA-COIR: Leveraging Semantic Search Index and Generative Models for Ontology-Driven Biomedical Concept Recognition

MA-COIR: 利用语义搜索索引和生成模型进行面向本体的生物医学概念识别

Shanshan Liu, Noriki Nishida, Rumana Ferdous Munne, Narumi Tokunaga, Yuki Yamagata, Kouji Kozaki, Yuji Matsumoto

机构 * RIKEN AIP ； University of Tsukuba（茨川大学） ； RIKEN R-IH ； RIKEN BRC ； Osaka Electro-Communication University（大阪电讯大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

AI总结 MA-COIR通过结合语义搜索索引和生成模型，提升生物医学领域本体驱动的概念识别能力。

Comments preprint

Journal ref https://aclanthology.org/2025.acl-srw.39/

The Prevalence of Misreporting and Misinterpreting Correlation Coefficients in Biomedical Literature

Jiayang Xu, Xintong Chen, Yufeng Liu, Xiaoli Guo, Shanbao Tong

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

Comments 14 Pages, 3 figures

BioMedJImpact: A Comprehensive Dataset and LLM Pipeline for AI Engagement and Scientific Impact Analysis of Biomedical Journals

Ruiyu Wang, Yuzhang Xie, Xiao Hu, Carl Yang, Jiaying Lu

机构 * Emory University（埃默里大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

Benchmarking Retrieval-Augmented Large Language Models in Biomedical NLP: Application, Robustness, and Self-Awareness

Mingchen Li, Zaifu Zhan, Han Yang, Yongkang Xiao, Jiatan Huang, Rui Zhang

机构 * Division of Computational Health Sciences, Department of Surgery University of Minnesota（大学医学计算科学系，外科系） ； Institute for Health Informatics University of Minnesota（健康信息学研究所，明尼苏达大学） ； Department of Electrical and Computer Engineering University of Minnesota（电气与计算机工程系，明尼苏达大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

BioVerge: A Comprehensive Benchmark and Study of Self-Evaluating Agents for Biomedical Hypothesis Generation

Fuyi Yang, Chenchen Ye, Mingyu Derek Ma, Yijia Xiao, Matthew Yang, Wei Wang

机构 * University of California, Los Angeles（加州大学洛杉矶分校） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

Biomedical Hypothesis Explainability with Graph-Based Context Retrieval

Ilya Tyagin, Saeideh Valipour, Aliaksandra Sikirzhytskaya, Michael Shtutman, Ilya Safro

机构 * Center for Bioinformatics and Computational Biology University of Delaware（生物信息学与计算生物学中心 大田纳西大学） ； Computer and Information Sciences University of Delaware（计算机与信息科学 大田纳西大学） ； Drug Discovery and Biomedical Sciences (DDBS) College of Pharmacy University of South Carolina（药物发现与生物医学科学（DDBS）药学院 美国南卡罗来纳大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

Comments 30 pages, 10 figures,

BanglaMedQA and BanglaMMedBench: Evaluating Retrieval-Augmented Generation Strategies for Bangla Biomedical Question Answering

Sadia Sultana, Saiyma Sittul Muna, Mosammat Zannatul Samarukh, Ajwad Abrar, Tareque Mohmud Chowdhury

机构 * Department of Computer Science and Engineering, Islamic University of Technology（计算机科学与工程系，伊斯兰技术大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

Comments Under Review

Quantum Optical Techniques for Biomedical Imaging

Vahid Salari, Yingwen Zhang, Sepideh Ahmadi, Dilip Paneru, Duncan England, Shabir Barzanjeh, Robert Boyd, Ebrahim Karimi, Christoph Simon, Daniel Oblak

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

Comments 20 pages, 8 figures

Knowledge-augmented Pre-trained Language Models for Biomedical Relation Extraction

Mario Sänger, Ulf Leser

机构 * Humboldt-Universität zu Berlin（洪堡大学柏林分校） ； AstraZeneca（阿斯利康） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

Journal ref BMC Bioinformatics 26, 240 (2025)

Image-To-Mesh Conversion for Biomedical Simulations

Fotis Drakopoulos, Kevin Garner, Christopher Rector, Nikos Chrisochoides

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title)；medical image(abstract)

Comments 37 pages, 26 figures

On an adjoint-based numerical approach for time-dependent optimal control problems of biomedical interest

Zahra Mirzaiyan, Pierfrancesco Siena, Pasquale Claudio Africa, Michele Girfoglio, Gianluigi Rozza

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

From Memorization to Generalization: Fine-Tuning Large Language Models for Biomedical Term-to-Identifier Normalization

Suswitha Pericharla, Daniel B. Hier, Tayo Obafemi-Ajayi

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

Comments Submitted for publication to BMC BioData Mining

Artificial magnetic conductor backed dual-mode sectoral cylindrical DRA for off-body biomedical telemetry

Nayab Gogosh, Sohail Khalid, Bilal Tariq Malik, Slawomir Koziel

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

Comments 13 pages

MedTrust-RAG: Evidence Verification and Trust Alignment for Biomedical Question Answering

Yingpeng Ning, Yuanyuan Sun, Ling Luo, Yanhua Wang, Yuchen Pan, Hongfei Lin

机构 * College of Computer Science and Technology, Dalian University of Technology（大连理工大学计算机科学与技术学院） ； Air Force Communications NCO Academy（空军通信NCO学院） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

Comments Accepted as a short paper at BlBM2025

From Knowledge to Treatment: Large Language Model Assisted Biomedical Concept Representation for Drug Repurposing

Chengrui Xiang, Tengfei Ma, Xiangzheng Fu, Yiping Liu, Bosheng Song, Xiangxiang Zeng

机构 * College of Computer Science and Electronic Engineering, Hunan University（计算机科学与电子工程学院，湖南大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

Comments 16 pages, 4 figures, 13 tables. Accepted by EMNLP 2025 (Findings)

A Unified Biomedical Named Entity Recognition Framework with Large Language Models

Tengxiao Lv, Ling Luo, Juntao Li, Yanhua Wang, Yuchen Pan, Chao Liu, Yanan Wang, Yan Jiang, Huiyi Lv, Yuanyuan Sun, Jian Wang, Hongfei Lin

机构 * College of Computer Science and Technology, Dalian University of Technology（大连理工大学计算机科学与技术学院） ； Air Force Communications NCO Academy（空军通信NCO学院） ； Department of Pharmacy, Second Affiliated Hospital of Dalian Medical University（大连医科大学第二附属医院药学部） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

Comments Accepted as a short paper at BIBM2025

Enhancing Biomedical Named Entity Recognition using GLiNER-BioMed with Targeted Dictionary-Based Post-processing for BioASQ 2025 task 6

Ritesh Mehta

机构 * Georgia Institute of Technology（佐治亚理工学院） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

Comments Paper published to CLEF 2025 CEUR-WS

Biomedical reasoning in action: Multi-agent System for Auditable Biomedical Evidence Synthesis

Oskar Wysocki, Magdalena Wysocka, Mauricio Jacobo, Harriet Unsworth, André Freitas

机构 * Idiap Research Institute（IDiap研究 institute） ； National Biomarker Centre (NBC) CRUK Manchester Institute（国家生物标记中心（NBC）CRUK曼彻斯特研究所） ； Department of Computer Science University of Manchester, UK（计算机科学系曼彻斯特大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

MEDAKA: Construction of Biomedical Knowledge Graphs Using Large Language Models

Asmita Sengupta, David Antony Selby, Sebastian Josef Vollmer, Gerrit Großmann

机构 * Department of Data Science and its Applications, German Research Center for Artificial Intelligence (DFKI GmbH)（数据科学及其应用系，德国人工智能研究中心（DFKI GmbH）） ； Department of Computer Science, University of Kaiserslautern–Landau (RPTU)（计算机科学系，凯撒斯劳滕-兰道大学（RPTU）） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

Comments 9 pages, 5 figures, 2 tables

A Review of Light-Field Imaging in Biomedical Sciences

Ruixuan Zhao, Xuanwen Hua, Woongjae Baek, Zhaoqiang Wang, Shu Jia, Liang Gao

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

Comments 32 pages, 11 figures

A Generative AI System for Biomedical Data Discovery with Grammar-Based Visualizations

Devin Lange, Shanghua Gao, Pengwei Sui, Austen Money, Priya Misner, Marinka Zitnik, Nils Gehlenborg

机构 * Harvard Medical School（哈佛医学院） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)