医学 AI

Linked Component Analysis from Matrices to High Order Tensors: Applications to Biomedical Data

从矩阵到高阶张量的关联组件分析：应用于生物医学数据

Guoxu Zhou, Qibin Zhao, Yu Zhang, Tülay Adalı, Shengli Xie, Andrzej Cichocki

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)；分类 cs.LG

AI总结 本文综述了用于联合分析多块数据的矩阵基组件分析方法，并扩展至多块多向张量数据，重点展示如何通过多向数据性质提取共同和个体特征，用于生物医学数据分析。

Comments 20 pages, 11 figures, Proceedings of the IEEE, 2015

Beyond Prompt-Based Planning: MCP-Native Graph Planning-based Biomedical Agent System

超越基于提示的规划：基于MCP原生图规划的生物医学智能体系统

Zhangtianyi Chen, Florensia Widjaja, Wufei Dai, Xiangjun Zhang, Yuhao Shen, Juexiao Zhou

机构 * The Chinese University of Hong Kong, Shenzhen（香港中文大学（深圳）） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

AI总结 提出BioManus系统，通过将异构生物信息学工具编译为标准MCP服务器并构建类型化异构图，实现基于图结构的规划，解决工具混淆和上下文效率问题，在BioAgentBench和LAB-Bench上提升执行准确性和工作流有效性。

When Retrieval Doesn't Help: A Large-Scale Study of Biomedical RAG

当检索无济于事：生物医学RAG的大规模研究

Erfan Nourbakhsh, Rocky Slavin, Ke Yang, Anthony Rios

机构 * The University of Texas at San Antonio（德克萨斯大学阿灵顿分校） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

AI总结 本研究通过大规模实验发现，检索增强生成（RAG）在生物医学问答中仅带来微小且不一致的提升（1-2%），主要瓶颈在于模型有效利用检索证据的能力不足。

Comments 9 Pages, accepted to BioNLP Workshop at ACL 2026

AutoForest: Automatically Generating Forest Plots from Biomedical Studies with End-to-End Evidence Extraction and Synthesis

AutoForest: 从生物医学研究中自动生成森林图，实现端到端的证据提取与综合

Massimiliano Pronesti, Angelo Miculescu, Mohsin Kapdi, Paul Flanagan, Oisín Redmond, Joao Bettencourt-Silva, Gurdeep Mannu, Spiros Denaxas, Rui Bebiano Da Providencia E Costa, Anya Belz, Yufang Hou

机构 * IBM Research（IBM研究院） ； Dublin City University（都柏林城市大学） ； UCL（伦敦大学学院） ； University of Oxford（牛津大学） ； IT:U Interdisciplinary Transformation University Austria（奥地利 interdisciplinary Transformation 大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(title,abstract)

AI总结 提出AutoForest系统，通过端到端的证据提取与统计综合，直接从生物医学论文自动生成可发表的森林图，加速证据综合并降低元分析门槛。

Comments Accepted to ACL2026 (System Demonstrations Track)

Unveiling the invisible - mathematical methods for restoring and interpreting illuminated manuscripts

揭示无形之物 - 用于修复和解释手稿的数学方法

Luca Calatroni, Marie d'Autume, Rob Hocking, Stella Panayotova, Simone Parisotto, Paola Ricciardi, Carola-Bibiane Schönlieb

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.CV、eess.IV

AI总结 本文探讨了用于修复和可视化手稿的数学方法，强调了数字图像处理在艺术领域中的应用和重要性。

Proceedings of the third "international Traveling Workshop on Interactions between Sparse models and Technology" (iTWIST'16)

第三届“国际稀疏模型与技术相互作用研讨会”（iTWIST'16）会议论文集

V. Abrol, O. Absil, P. -A. Absil, S. Anthoine, P. Antoine, T. Arildsen, N. Bertin, F. Bleichrodt, J. Bobin, A. Bol, A. Bonnefoy, F. Caltagirone, V. Cambareri, C. Chenot, V. Crnojević, M. Daňková, K. Degraux, J. Eisert, J. M. Fadili, M. Gabrié, N. Gac, D. Giacobello, A. Gonzalez, C. A. Gomez Gonzalez, A. González, P. -Y. Gousenbourger, M. Græsbøll Christensen, R. Gribonval, S. Guérit, S. Huang, P. Irofti, L. Jacques, U. S. Kamilov, S. Kiticć, M. Kliesch, F. Krzakala, J. A. Lee, W. Liao, T. Lindstrøm Jensen, A. Manoel, H. Mansour, A. Mohammad-Djafari, A. Moshtaghpour, F. Ngolè, B. Pairet, M. Panić, G. Peyré, A. Pižurica, P. Rajmic, M. Roblin, I. Roth, A. K. Sao, P. Sharma, J. -L. Starck, E. W. Tramel, T. van Waterschoot, D. Vukobratovic, L. Wang, B. Wirth, G. Wunder, H. Zhang

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.CV、cs.LG

AI总结 本文探讨了稀疏模型与技术的相互作用，涵盖数据传感、非凸逆问题、概率推断、机器学习等领域，通过演讲和讨论促进国际科研合作。

Comments 69 pages, 22 extended abstracts, iTWIST'16 website: http://www.itwist16.es.aau.dk

Invertible Orientation Scores of 3D Images

三维图像的可逆取向分数

Michiel Janssen, Remco Duits, Marcel Breeuwer

机构 * Eindhoven University of Technology, The Netherlands（埃因霍温理工大学，荷兰） ； Department of Mathematics and Computer Science（数学与计算机科学系） ； Department of Biomedical Engineering（生物医学工程系） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.CV

AI总结 本文提出三维取向分数，用于增强和检测噪声图像中的细长结构，采用可逆相干态变换和球面谐波变换实现高效计算，展示初步应用结果。

Comments ssvm 2015 published version in LNCS contains a mistake (a switch notation spherical angles) that is corrected in this arxiv version

Dynamic Density Estimation in Heterogeneous Cell Populations

异质细胞群体中的动态密度估计

Armin Küper, Robert Dürr, Steffen Waldherr

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 本文提出了一种基于样本近似的密度估计方法，用于重建不可测的细胞属性，相比传统网格离散化方法，在准确性和计算效率上表现更优。

Comments 7 pages, 5 figures, this article has been accepted for publication in a future issue of IEEE Control Systems Letters

Numerical methods for interface coupling of compressible and almost incompressible media

可压缩与近不可压缩介质界面耦合的数值方法

Mauricio J. Del Razo, Randall J. LeVeque

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 q-bio

AI总结 研究开发了模拟冲击波从气体进入薄弹性固体和近不可压缩流体的数值方法，通过高分辨率冲击捕捉方法和自适应网格细化技术，简化了薄界面模型并提高了计算效率。

Journal ref SIAM Journal on Scientific Computing, 39.3: B486-B507 (2017)

Effective permeabilities for flow through anisotropic microscopic geometries

各向异性微观几何中的有效渗透率

Loïc Balazi, Fabian Holzberger, Stephan B. Lunowa, Malte A. Peter, Daniel Peterseim, Barbara Wohlmuth

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)

AI总结 本研究基于均质化理论和代表性单元体积的全解析模拟，提出了一种计算框架来获取各向异性微观几何中的有效渗透率张量，并验证了Boutin的渗透率模型，揭示了纤维取向引起的方向性渗透率差异，对动脉瘤血流模拟等应用具有重要意义。

Electron-wave-stimulated mid-infrared emission from graphene-substrate quantum oscillators

电子波激发的石墨烯-衬底量子振荡器中红外发射

Sunhwa Hong, Moo Jin Kwak, Yunseok Lee, Chan-Jin Kim, Sung Jin Hong, Ha Eun Lee, Yejun Lee, Koeun Kim, Juhyen Lee, Minkyung Lee, Youngdeog Koh, Joonhyun Lee, Miyoung Kim, Zee Hwan Kim, Myung Jin Park, Hoon Wee, Byung Hee Hong, Konstantin S. Novoselov

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)

AI总结 本文提出一种新型中红外辐射平台，通过多层CVD石墨烯与振动活性介电衬底集成，利用漂移载流子的长程德布罗意波与衬底体相内的振动跃迁偶极子相干耦合，实现可调谐、高强度的中红外至太赫兹辐射，并发现电子漂移速度超过衬底声速时辐射强度指数增长，归因于切伦科夫电子-声子不稳定性引起的量子受激放大。

Comments 12 pages,15 figures

Modeling and simulation of nonlinear electro-thermo-mechanical continua with application to shape memory polymeric medical devices

非线性电-热-力学连续体建模与仿真及其在形状记忆聚合物医疗装置中的应用

Innocent Niyonzima, Yang Jiao, Jacob Fish

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)

AI总结 本文提出了一种用于形状记忆聚合物医疗支架的多物理场建模方法，通过电势求解电学问题，并利用有限元法进行离散和求解，验证了电-热-力学耦合问题的数值模拟结果。

Comments The paper has been published in Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering. It can be cited as : Innocent Niyonzima, Yang Jiao and Jacob Fish, "Modeling and simulation of nonlinear electro-thermo-mechanical continua with application to shape memory polymeric medical devices", Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, Volume 350, pp 511-534, 2019"

Space-Time-Parallel Poroelasticity Simulation

时空并行多物理场模拟

Uwe Köcher

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)

AI总结 本文提出一种时空并行的多物理场模拟方法，用于高效求解复杂地质介质中的多物理场问题，包括流体流动与结构相互作用，通过统一的多物理场方案和多网格预处理技术提升计算效率。

A New Continuum-Based Thick Shell Finite Element for Soft Biological Tissues in Dynamics: Part 1 - Preliminary Benchmarking Using Classic Verification Experiments

一种新的基于连续体的厚壳有限元用于动态软生物组织：Part 1 - 使用经典验证实验的初步基准测试

Bahareh Momenan, Michel R. Labrosse

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)

AI总结 本文提出一种新的非线性厚连续体壳有限元，用于模拟动态软生物组织，验证其在处理大变形、复杂几何和粗网格时的准确性与效率。

Comments 20 pages, 20 figures

A New Continuum-Based Thick Shell Finite Element for Soft Biological Tissues in Dynamics: Part 2 - Anisotropic Hyperelasticity and Incompressibility Aspects

一种新的基于连续体的厚壳有限元用于动态软生物组织：第二部分——各向异性超弹性与不可压缩性方面

Bahareh Momenan, Michel R. Labrosse

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)

AI总结 本文提出了一种基于连续体的厚壳有限元，用于模拟大三维应变和变形，结合各向异性超弹性本构关系和不可压缩性特性，验证了其在软生物组织建模中的可靠性与效率。

Comments 16 pages, 17 figures

VLSI Computational Architectures for the Arithmetic Cosine Transform

用于算术余弦变换的VLSI计算架构

N. Rajapaksha, A. Madanayake, R. J. Cintra, J. Adikari, V. S. Dimitrov

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)

AI总结 本文提出了一种用于计算零均值ACT的硬件架构，并扩展了ACT以适用于非零均值信号。所有电路均在Xilinx XC6VLX240T FPGA上实现并测试，用于45nm TSMC标准单元库的性能评估。

Comments 8 pages, 2 figures, 6 tables

Journal ref IEEE Transactions on Computers, vol. 64, no. 9, Sep 2015

Low-Dimensional Stochastic Modeling of the Electrical Properties of Biological Tissues

生物组织电性质的低维随机建模

Ulrich Römer, Christian Schmidt, Ursula van Rienen, Sebastian Schöps

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)

AI总结 本文通过降低参数维度，利用Karhunen-Loeve展开方法对生物组织电性质进行随机建模，以量化深部脑刺激中轴突激活的不确定性，采用Medtronic 3387电极设计进行数值验证。

Comments 4 pages, 5 figures

Journal ref IEEE Trans. Magn, Volume: 53, Issue: 6, June 2017

Identifiability of generalised Randles circuit models

一般化兰德斯电路模型的可识别性

S. M. M. Alavi, A. Mahdi, S. J. Payne, D. A. Howey

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)

AI总结 本文研究一般化兰德斯电路模型的可识别性，证明其结构局部可识别，并讨论全局可识别条件，通过仿真评估估计精度。

Inversion of Weighted Divergent Beam and Cone Transforms

加权发散束和锥变换的反演

Peter Kuchment, Fatma Terzioglu

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)

AI总结 本文研究了Radon变换与加权发散束和锥变换之间的关系，推导出后两者的新型反演公式，应用于Compton相机图像重建，适用于各种探测器几何结构。

Higher-Order Block Term Decomposition for Spatially Folded fMRI Data

高阶块项分解用于空间折叠的fMRI数据

Christos Chatzichristos, Eleftherios Kofidis, Giannis Kopsinis, Sergios Theodoridis

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)

AI总结 本文提出高阶块项分解用于分析空间折叠的fMRI数据，以提高空间维度的利用效率，通过4或5阶张量建模提升数据处理能力。

Shaping Pulses to Control Bistable Monotone Systems Using Koopman Operator

通过Koopman算子控制双稳单增系统中的脉冲形状

Aivar Sootla, Alexandre Mauroy, Jorge Goncalves

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)

AI总结 本文提出利用Koopman算子的特征函数设计脉冲，以控制双稳系统在稳态间切换，通过分析开关函数的等高线确定驱动脉冲和估计时间，适用于生物应用。

Comments 7 pages

Sparse Wavelet Representations of Spatially Varying Blurring Operators

稀疏小波表示法用于空间变化模糊算子

Paul Escande, Pierre Weiss

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)

AI总结 本文提出一种基于小波域稀疏近似的图像恢复方法，通过稀疏逼近空间变化模糊算子，提升计算效率，实验显示优于传统卷积方法。

Locally Sparse Reconstruction Using the $\ell^{1,\infty}$-Norm

局部稀疏重建使用ℓ^{1,∞}范数

Pia Heins, Michael Moeller, Martin Burger

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)

AI总结 本文探讨了通过最小化ℓ^{1,∞}范数引入局部稀疏性信息的方法，分析了该范数的性质及其优化问题，并针对动态PET成像应用提出了基于ADMM的计算方法。

Delta-Complete Analysis for Bounded Reachability of Hybrid Systems

对混合系统的有界可达性进行Delta-完全分析

Sicun Gao, Soonho Kong, Wei Chen, Edmund Clarke

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)

AI总结 本文提出了一种用于混合系统有界可达性问题的Delta-完全分析框架，通过求解实数上的Delta决策问题进行有界可达性检查，并考虑系统在数值扰动下的鲁棒性。

A New Preconditioner for the GeneRank Problem

基因排名问题的一种新预处理器

Davod Khojasteh Salkuyeh, Vahid Edalatpour, Davod Hezari

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)

AI总结 本文提出了一种新的预处理共轭梯度算法用于解决基因排名问题，并通过数值实验验证了其有效性。

Comments 10 pages, 3 figures

Reconstruction and Analysis of Cancer-specific Gene Regulatory Networks from Gene Expression Profiles

从基因表达谱重建和分析癌症特异性基因调控网络

Khalid Raza, Rajni Jaiswal

专题命中 生物医学文本 ：diagnosis(abstract)

AI总结 本文提出一种基于统计方法的基因调控网络重建方法，用于识别前列腺癌中的关键基因及其调控关系，发现29个基因构成的网络中存在55条调控关系，部分基因被鉴定为潜在的药物靶点。

Comments 10 pages, 1 figure, 2 tables

Journal ref International Journal on Bioinformatics & Biosciences (IJBB), 3(2):25-34, June 2013